Konsultacje prowadzone przez Komisję Europejską pokazały, jak wiele wątpliwości i głosów sprzeciwu odnośnie metodologii Nutri-Score płynie z rynków Unii Europejskiej. Główne zastrzeżenia wskazują na fakt, że Nutri-Score promuje produkty przetworzone, o długiej liście składników, których skład można łatwo zmieniać, na przykład poprzez reformulację. A jednocześnie powoduje, że żywność nieprzetworzona, naturalna, ekologiczna, wytwarzana najczęściej lokalnie jest deprecjonowana i wypada w ocenie jako żywność gorszej jakości. Coraz więcej głosów zwraca też uwagę na fakt, że takie podejście jest sprzeczne z unijną strategią „od pola do stołu”, której celem jest m.in. promocja naturalnych, regionalnych produktów spożywczych.
Swoje głosy krytyki zgłaszali zarówno producenci lokalnych specjałów z różnych krajów należących do Unii Europejskiej, jak też firmy i przedsięwzięcia posługujące się Chronioną Nazwą Pochodzenia (PDO), czy Chronionym Oznaczeniem Geograficznym (PGI).
Maria Spiraki, grecka dziennikarka telewizyjna, publicystka i polityk, posłanka do Parlamentu Europejskiego VIII i IX kadencji z ramienia Europejskiej Partii Ludowej (PPE) zapytała „W jaki sposób nowy system klasyfikacji podkreśli zalety śródziemnomorskich produktów spożywczych, które zostały naukowo potwierdzone na poziomie międzynarodowym, i czy będzie on odróżniał te produkty od standaryzowanej/przetworzonej żywności, z którą oczywiście nie można ich w żaden sposób porównywać?”.
Natomiast członkowie Europejskiej Partii Ludowej (PPE): Francisco José Millán Mon, Juan Ignacio Zoido Álvarez i Gabriel Mato zastanawiają się, czy Komisji Europejska „jest świadoma krytyki, z jaką spotkało się etykietowanie NS ze strony rad nadzorczych hiszpańskich firm, które wytwarzają produkty o chronionej nazwie pochodzenia i chronionym oznaczeniu geograficznym, takie jak: Mexillón de Galicia (omułki galicyjskie), sery z mleka krowiego Arzúa-Ulloa i Queixo-Tetillam, Carne de Vacún (wołowina) i Castaña de Galicia (kasztany galicyjskie)?”.
Mara Bizotto, włoska polityk i samorządowiec, posłanka do Parlamentu Europejskiego VII, VIII i IX kadencji pyta „W jaki sposób Komisja będzie chronić wysokiej jakości produkty o chronionej nazwie pochodzenia/chronionym oznaczeniu geograficznym przed systemami etykietowania takimi jak Nutri-Score? Jako przykład podano produkty włoskie „Made in Italy”: sery Grana Padano, Parmigiano Reggiano, szynkę parmeńską czy oliwę z oliwek extra vergine” oraz „Czy Komisja będzie dążyć do zniesienia systemu etykietowania Nutri-Score, który zachęca do stosowania niezrównoważonej i niezdrowej diety? Jako przykład podano zniekształcone i niepełne informacje dotyczące wartości odżywczych wielu śródziemnomorskich produktów spożywczych, które arbitralnie zostały sklasyfikowane jako niebezpieczne”, a także „Czy Komisja będzie dążyć do zniesienia systemu etykietowania Nutri-Score, który zachęca do stosowania niezrównoważonej i niezdrowej diety?”.
Warto też zwrócić uwagę na pytanie Hermanna Tertscha del Valle-Lersundi – hiszpańskiego dziennikarza, pisarza i publicysty, posła do Parlamentu Europejskiego IX kadencji, reprezentującego partię Europejskich Konserwatystów i Reformatorów „Biorąc pod uwagę brak konsensusu i danych dotyczących stosowania Nutri-Score do produktów diety śródziemnomorskiej, czy Komisja jest przygotowana do przeprowadzenia badania wpływu Nutri-Score na produkty takie jak wino, szynka i ser, które mają status PGI/PDO?”.
Komisja Europejska zaplanowała przygotowanie wniosku w sprawie zharmonizowanego obowiązkowego w UE oznaczania wartości odżywczej produktów na przodzie opakowania – na czwarty kwartał 2022 r. Docelowe rozporządzenie ma służyć bezpieczeństwu żywności i uwzględniać takie informacje przekazywane konsumentom, które umożliwią im dokonywanie świadomych i prozdrowotnych wyborów żywieniowych.
Dlatego system, który zostanie wdrożony, nie może być systemem, który promuje określone grupy produktów , a jednocześnie deprecjonuje produkty naturalne i tradycyjne, o potwierdzonych walorach prozdrowotnych, bogate w substancje odżywcze niezbędne w codziennej diecie.